Az ételallergia elsősorban a gyomorban és a belekben okozza a legnagyobb problémát és károkat.
Ha az állat fajától és természetes táplálkozási formájától eltérő ételeket adunk, akkor azt csak részben vagy egyáltalán nem fogja tudni megemészteni, irritálhatja a bélfalat vagy akár sérülést is okozhat azon amellett, hogy szétrombolja a bélflóra kényes és érzékeny egyensúlyát.
Azzal, hogy sérül a bélfal, áteresztő bél szindróma alakul ki, mely során nem csak a szükséges tápanyagok és folyadék szívódik fel a belekből, de egyéb, nem kívánatos anyagok is.
Baktériumoknak, toxinoknak, emésztetlen vagy részben emésztett táplálék daraboknak nyílik így szabad átjárás a bélből a véráramba, ezzel pedig gyengül az immunrendszer.